El corazón de cada cytometer es una célula de flujo de alta precisión del vidrio de cuarzo con un canal extrafino. Este canal proporciona la estabilidad del sistema hidráulico y permite así el análisis óptico exacto de células o de partículas.
El canal de flujo tiene típicamente un perfil cuadrado o rectangular del canal con dimensiones solamente de algunos centésimo de un milímetro con las superficies altamente pulidas.
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