En la versión microbore de la columna Metrosep A Supp 16 - 100 se aplican flujos más bajos debido a su menor diámetro interior, por lo que el consumo de eluyente se reduce considerablemente. El tiempo de permanencia de los iones en el detector aumenta y, por consiguiente, se incrementa la sensibilidad o el área de pico (con la misma cantidad de muestra). Las columnas de separación microbore se utilizan junto con el MSM-LC. Las columnas de separación de 2 mm Metrosep A Supp 16 están hechas del mismo material que las columnas de separación de 4 mm correspondientes. La versión corta de este tipo de columna permite realizar separaciones extraordinariamente rápidas.
Esta columna es ideal para aplicaciones que presentan una carga elevada de iones, pero que solo requieren una resolución relativamente baja. Debido a su reducido flujo de eluyente, es especialmente apropiada para el acoplamiento IC-MS.