El principio de la limpieza biológica de los gases de escape se basa en que los microorganismos convierten el contenido de los gases de escape en productos inofensivos. Como el proceso siempre tiene que tener lugar en una fase más acuosa de la que se dispone en el hábitat de los microorganismos, éstos se cultivan en una película de humedad sobre un sustrato o suspendidos en una solución acuosa. Los microorganismos son bacterias aeróbicas que oxidan el contenido cuando hay oxígeno.
El rendimiento de la degradación de los microorganismos depende en gran medida de las condiciones ambientales: no sólo debe haber suficiente oxígeno y nutrientes disponibles, sino que la temperatura, el pH y los niveles de humedad también tienen un papel clave que desempeñar. A diferencia de un biofiltro, la ventaja de un biofiltro es que puede controlar la contaminación microbiológica en la superficie de intercambio y mantenerla a un nivel suficientemente bajo.
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